اساس کار EDR همانند ED است. در هر سیستم EDR دو الکترود در قسمت بیرونی وجود دارد که در یک محلول نمکی آبکی غوطهور شدهاند که جریان الکتریکی را هدایت میکنند تا یک میدان الکتریکی در اطراف سیستم قرار گیرد. به منظور حفظ تعادل یون، محلول نمکی به اطراف آن پمپ میشود.
از آنجا که محلول نمکی (جریان خوراک) بین غشای تبادل یونی وجود دارد، انتقال یون منجر به ایجاد میدان الکتریکی میشود. در فاصله بین الکترودها، کاتیونها از طریق غشای کاتیونی به الکترود منفی (کاتد) و آنیونها از طریق غشای آنیونی به الکترود مثبت (آند) نفوذ میکنند. اصلیترین تفاوت EDR با ED عدم نیاز به مصرف اسید و آنتیاسکالانت و تعویض متناوب قطب الکترودها برای جلوگیری از تشکیل و تثبیت رسوب است.
در EDR تعویض متناوب قطب کاتد و آند جابجا باعث تغییر جهت انتقال یون و جدا شدن مواد با بار الکتریکی از سطح غشا میشود. به طور کلی توصیه میشود که ذرات معلق، کلوئیدها، اسیدهای هوموس، روغن و چربی از قبل برداشته شو در سیستمهای پیشرفته دستگاه الکترودیالیز به شیوهای طراحی و بهرهبرداری میگردد که در حدود هر 15 دقیقه یک مرتبه قطب کاتد و آند جابجا می شوند. پس از تعویض قطب کانالهای مربوط به آب نمکزدایی شده و آب نمک نیز توسط شیرهای خودکاری که کنترل جریان را در اختیار دارند، معکوس می شوند.
کانال آب شیرین، کانال آب شور میشود، و کانال آب شور تبدیل به آب شیرین میگردد. هر دو کانال آب شیرین و آب شور کانال مشخصات ساختاری یکسانی دارند. در حدود ۱-۲ دقیقه، مقدار شوری در هر دو جریان زیاد است و بهطور خودکار به سمت مجرای پساب هدایت میشوند. این کار ادامه مییابد تا مقدار هدایت الکتریکی آب تولید شده به مقدار مطلوب برسد. سپس جریان محصول بهطور خودکار به سمت منبع ذخیره هدایت میشود.